王敦得知郗鉴镇守合肥，忌惮这支流民武装。他想出了明升暗降的招数，上表朝廷推荐郗鉴任尚书令。尚书令掌握朝政政令中枢，是实际上的宰相，可惜不统军，郗鉴如果担任此职就失去了对本部流民的指挥权。司马绍尚未具备和王敦翻脸的实力，不得不召郗鉴入京就职。郗鉴上任途中经过姑孰，被王敦扣留了。党羽劝王敦杀掉郗鉴，王敦没有听，软禁了郗鉴几个月后最终放他去了建康。
王敦开始留意铲除司马绍倚重的大臣，防备司马绍成就气候。温矫是司马绍倚重的另一位大臣，担任中书令。王敦就要求调温峤回自己幕府担任左司马。司马绍还是只能答应。温矫来到王敦身边后，虚与委蛇，身在曹营心在汉。王敦对幕僚沈充、钱凤几乎言听计从。沈充是吴兴沈氏子弟，企图依靠王敦来提升家族权势，前往东南地区推行王敦的政策。他听命王敦，杀戮义兴周氏，蓄养力量，准备配合王敦夺权。长期在王敦身边的就是钱凤。温峤假意和钱凤交好。钱凤出身寒门，也仰仗温矫提升名望。温矫就逢人称赞：“钱世仪（钱凤的字）精神满腹。”钱凤大喜，和温峤成了好朋友，在王敦面前力保温峤。温峤在王敦身边担任左司马有惊无险。
恰好丹阳尹出缺。丹阳尹虽是一郡太守，但因为辖区内有首都建康和长江要害，地位相当重要。温峤有意竞争丹阳尹，借机逃离王敦，就对王敦说：“丹阳是咽喉之地，朝廷任命的人不会和明公一心。明公宜自选其才。”王敦觉得有理，就问温峤：“谁能够胜任？”温峤马上推荐了钱凤。钱凤以为是温峤抬举自己，投桃报李，推举温峤担任丹阳尹。温峤佯装推辞，王敦不听，奏请温峤出任丹阳尹，为他设宴饯别，暗中嘱咐他窥察朝廷动静。温峤担心走后钱凤回味过来制止自己上任，在宴会上给钱凤敬酒的时候佯装酒醉，用手板击落钱凤的头巾，变脸斥责：“钱凤，你是什么人，我温峤祝酒你胆敢不喝？”王敦以为温峤醉了，把双方劝解开。温峤在向王敦道别时涕泪横流，三次出门三次返回，无限眷恋。第二天，钱凤果然想明白了，提醒王敦：“温峤与朝廷关系极为密切，并且与庾亮有深交，不能信任。”王敦反而责备钱凤：“温峤昨天醉了才斥责你的，你怎么能转身就诋毁他呢！”温峤安然回到建康，把王敦的虚实和阴谋一五一十告诉了司马绍。王敦知道受骗，勃然大怒，大骂温峤。
王敦喜欢侄儿王允之，留他在身边。一天，王允之在王敦的床上休息，听到王敦在外面和部下讨论篡权的计划。王敦突然想起床上还有王允之，赶紧过来查探。王允之早有准备，倒头假睡，还抠出口水沾染被褥床单，让王敦相信自己熟睡多时，骗过了王敦的迫害。后来，王允之回家告诉了父亲王舒，王舒和王导商量后报告了司马绍。所以，王敦的篡位计划在家族内部都没有得到支持，且早在司马绍的掌握之中。
324年，王敦的身体状况越来越差。人将死的时候，头脑都特别清醒。王敦意识到自己和王家的力量都不能推翻东晋王朝，而在无力推翻朝廷的前提下做个与朝廷不和的权臣是没有前途的。病重的王敦很明白自己的继子王应年纪很小，担心自己死后王应掌控不了部队。他给部属设计了上中下三策：上策是解散军队，归身朝廷，保全门户；中策是退兵武昌，屯兵自卫，同时和朝廷和睦共处；下策是趁着自己还活着，集中全力推翻朝廷，万一侥幸就能开创一个新王朝了。钱凤和沈充等人要的是当开国元勋，要的是荣华富贵，一致认为王敦的下策是上策，决定挟着王敦的余威，兴兵作乱。
王敦身不由己，便由着下面的人造反。他自命为扬州牧，并大肆任命党羽为朝官和地方官吏。王敦没有儿子，兄长王含把儿子王应过继给他。现在，王敦假传圣旨拜王应为武卫将军，拜王含为骠骑大将军，让沈充在江东起兵响应。司马绍于是正式下诏讨伐王敦。王敦理当迎战，无奈身体每况愈下，只好委派王含率领水陆大军，气势汹汹杀向建康。第二次王敦之乱爆发。
战争开始后，司马绍着戎装跨骏马，仅带两名随从去王敦大营，仔细侦察营中虚实。当时，王敦正卧床观书，累了以后打盹，迷迷糊糊中梦见太阳在营垒上空盘旋。他心中一动，醒来惊呼：“此必黄须鲜卑奴来也！”马上派出轻骑搜索营垒附近。王敦部下士兵也发现有晋军探子侦查，觉得司马绍不是常人，向上报告。司马绍三人很快就被王敦的骑兵追上了。情况紧急，司马绍看到路边有个老太太，就把御用的七宝鞭递给她，嘱咐说如果有骑兵追来就拿鞭子给他们看，然后他们又用冷水把马粪浇透才骑马再逃。一会儿，追兵赶到，看到老太太就问有没有看到一个黄胡须的骑马人经过。老太太说看到了，跑过去很久了，说完把七宝鞭拿给追兵看。七宝鞭镶金嵌玉，引起追兵围观，追兵又发现马粪已冷，相信司马绍已经跑远，放弃追赶，怏怏而还。
司马绍回到建康，郗鉴建议朝廷征召苏峻、祖约等入卫京师。司马绍采纳了。苏峻、祖约等人觉得王敦胜算不大，纷纷出兵饮马长江，护卫建康。在军力对比上，王敦并不占优势。讽刺的是，王导是政府军方面的大都督，总督各军与王敦作战（这也算是司马绍过人之处）。我们知道王导是个头脑很清醒很务实的政治家，知道王敦病重且失去了人心，就坚定地站在了司马绍的一边。他扬言王敦已死，带着建康的王氏家族子弟为王敦发丧，让大家以为王敦真的死了。政府军士气大振，叛军气焰下挫。司马绍适时下诏数王敦之罪，表示除了要治罪王敦和钱凤，“余众一无所问”！
王敦见诏暴怒，病势更加沉重，不能统兵打仗，命令王含起兵。324年秋七月，王含率水陆大军5万杀向建康，攻至长江南岸。温峤则焚烧秦淮河上的浮桥，率军固守北岸。司马绍意气风发，要带兵应战。郗鉴拉住他，建议坚守建康，以逸待劳，等王敦军队锐气过后再联合援兵痛击。司马绍还是组织勇士，夜渡秦淮河偷袭王含大营，大败之。王敦听到王含失利的消息，哀叹：“我兄长就是个老婢；门户衰败，大势去矣！”他运起最后的力量，要亲赴前线，无奈病入膏肓，挣扎起来后马上又躺倒在地，寿命将尽了。临终前，王敦叮嘱王应：“我死后秘不发丧，一定要把建康打下来！”说完，王敦病死，时年59岁。
嗣子王应果然不给王敦发丧，草草埋在营帐中，然后自己去花天酒地，尽量享乐去了。纸包不住火，几天后大军不见指挥和命令，面对晋军的攻势节节败退，渐渐知道王敦真的死了，兵败如山倒。王含、王应和钱凤仓皇西逃。另一个党羽沈充正从东边向建康进攻，无奈大势已去，逃亡途中被旧将所杀，首级传给朝廷。钱凤逃到江州，被地方太守所杀。王含、王应抛弃王敦亲手带起来的军队，一路逃到荆州投靠族人、荆州刺史王舒。王舒不是王敦那样的豪杰，也不是王含那样志大才疏的小人，做出了最平稳的选择：大义灭亲。王舒把王含父子俩痛殴一顿后扔进长江喂鱼去了。王敦势力烟消云散了。
平定王敦之乱是晋明帝司马绍最大的政绩。战后，他果真没有株连他人，冻结对王敦党羽的追究。王敦之乱在战争期间并没有造成大的破坏，战后又没有株连杀戮导致社会动荡，整个南方付出的成本比较少。司马绍处理得当，得到了世族大家和百姓的支持。之后，司马绍一度宠爱美人宋袆。宋袆国色天香，善吹笛，是石崇爱妾绿珠的弟子。宋袆没有名分，且司马绍的宠爱有些过分，群臣纷纷进谏，要求驱逐宋袆。司马绍也能忍痛割爱，竟然问群臣谁想要宋袆。群臣面面相觑，最后吏部尚书阮遥斗胆提出了申请，司马绍还真把宋袆送给了阮遥。
太宁三年（325年）秋，晋明帝司马绍病死，只有27岁。太子司马衍继位为帝，史称晋成帝。
三一、有枪就是草头王
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