成帝咸和五年（），始度百姓田收租，改变西晋课田五十亩收租四斛办法，大率每亩税米三升。户调可能仍沿西晋每户绢三匹、绵三斤之制。孝武帝太元二年（）废除度田收租制，以口为对象，王公以下口税三斛。八年，又增税米每口五石，大抵比西晋时赋税为重。东晋的徭役也极为繁重，孝武帝时“殆无三日休停”。东晋户口应不少于东吴时（五十二万户，二百三十万口），而桓温上疏说当时户口凋寡，不当汉之一郡（后汉最大之南阳郡有五十二万户、二百四十万口）。这主要是由于依附人口太多，东晋规定给客制度，品官可以庇荫流民为佃客，第一、二品官荫占佃客四十户，三品三十五户，四品三十户，五品二十五户，六品二十户，七品十五户，八品十户，九品五户。政府所承认的荫占佃客数字，各品官都比西晋增多。他们的户口附于主人的户籍，实际上，官僚贵族所荫庇的佃客，还远不止于规定的数字。他们不负担国家的租税徭役，但须把收获的一半交给主人。佃客之外，还有称为典计、衣食客等名目的依附人口。此时，世代当兵的兵户依然存在，同时也以逃亡农民、罪犯及其家属、被俘少数民族、豁免的奴隶等色人为兵。招募的军队也占重要地位，如著名的北府兵，就是招募劲勇组成的。

东晋疆域狭窄，贵族官僚大量占山固泽。世家大族大量庇荫人口，未入私门的侨人流民，又不编户贯，影响政府的财源与兵源。成帝咸和时（～）已开始实行土断，即把侨人从白籍移入黄籍，成为所居地方的正式编户，纳税服役。在实行土断的同时，必然也搜检官僚贵族隐匿的户口。桓温、刘裕执政时期，两次大规模实行土断，收到“财阜国丰”和开拓兵源的效果。有利于巩固偏安江南的政权。

东晋统治阶级内部，存在着北人士族与南人士族，北人士族中的上层与下层，皇室司马氏与侨姓大族、各大族之间、中央与地方（扬州与荆州）等错综复杂的矛盾。当时流行的“王与马，共天下”说法，既反映了王氏扶持在南方尚未站稳的司马氏政权，也反映了东晋一代皇室与侨姓大族不断的斗争。王导执政，以宽和著称，其目的除结好南人，巩固司马氏地位外，也为维护世家大族的利益。元帝对王软和简文帝对桓温，都曾有过“请避贤路”的表示，为封建社会中的君臣关系所罕见。“君弱臣强”的局面，是司马氏与以王氏为首的各大族“共天下”的结果。

王敦担任都督江、扬、荆、襄、交、广六州军事、江州刺史，拥重兵镇守武昌（今湖北鄂城）。元帝畏恶王敦，任用刘隗、刁协与之相抗。刘，刁维护皇室威权，“崇上抑下”，如大批征调大族家的奴僮和依附的客，以充兵役，引起王氏等大族的不满。永昌元年（），王敦以问罪于刘隗、刁协为名，起兵攻下建康，杀死刁协等。又从武昌移镇姑孰（今安徽当涂），自领扬州牧，内外大权集于一身。两年后，王敦病重，仍命其兄王含为元帅，率军进攻建康。建康未克而王敦病故。他虽被谴责为叛逆，琅邪王氏的地位却未受任何影响。成帝即位年幼，舅父庾亮执政。北宋的流民首领苏峻、祖约都拥有重兵，分别驻在历阳（今安徽和县）和寿春。他们不满于大族庾亮、卞壶等人的排挤，咸和二年（），起兵进攻建康。江州刺史温峤乞援于荆州刺史陶侃，联合击败苏峻（见苏峻、祖约之乱）。陶侃死后，庾亮代为江、荆、豫三州刺史，既拥强兵据上游，又执朝廷大权。他代表皇室利益，与王导产生矛盾。但在冲突表面化之前，王导、庾亮相继去世。

桓温继庾氏之后据有荆楚，又领扬州牧，也集内外大权于一身，企图夺取司马氏政权。桓温先废司马奕为海西公，立简文帝，实则企望其让位于己。穆帝时，简文帝为会稽王辅政，任用殷浩以抵制桓温，但未成功。接近皇室的庾氏家族中，多人被桓温杀害，桓温病中要求朝廷赐他“九锡”，以为禅让的前奏。由于谢安等人的拖延策略，桓温不及待而死。谢安辅政，侄儿谢玄在肥水之战中立了大功。但孝武帝的兄弟会稽王司马道子排斥谢氏。东晋前期，政权一直在大族手中。肥水战后，转入孝武帝及司马道子之手。战后两年，谢安被迫避往广陵，不久死去。战后四年，谢玄又从坐镇的边境要地彭城被调移内地任会稽内史。以后桓温的幼子桓玄又以荆州为据点，攻入建康，杀司马道子父子，总揽朝权。元兴二年（），桓玄称帝，国号为楚。刘裕从京口（今江苏镇江）起兵讨伐，桓玄退归江陵，失败被杀。

东晋政权所受外部威胁，主要来自黄河流域的胡族和长江上游（益州）的政治势力。北人南渡之初，上下同仇敌忾，要求驱逐胡人，返回故土。祖逖及其部下流民可为代表。祖逖从淮水流域进抵黄河沿岸，联系保据坞壁不甘臣服胡族的北方人民，谋划恢复中原，经营达八年（～）之久。当时北方匈奴刘氏与胡羯石氏相争，形势有利于东晋。但元帝无意北伐，对祖逖所需人力物力都不予支持，加以皇室与王敦矛盾尖锐，祖逖备遭掣肘，壮志未伸而死。石氏兵力一度威胁江南，后赵建国，据有幽、冀、并诸州后，军事优势更为显著。庾亮、庾翼虽先后拟议北伐，由于力量对比悬殊，都未实现。石虎死后，河北大乱，西晋遗民二十余万口渡河欲归附东晋。褚裒北伐，先锋达到彭城，战败退回。以后北方前燕与前秦东西并立，殷浩北伐也屡次失败。

永和十年（）桓温伐前秦，深入敌境，但未乘胜夺取长安，只徙关中三千余户而归。两年以后，又伐前燕，夺取了洛阳，但不久复归于燕。太和四年（）再度北伐，到达距前燕首都邺不远的枋头，未再前进，退败于襄邑（今河南睢县）。桓温晚年借北伐以树立威名，谋求禅让，但未成功。前秦苻坚吞并前燕（）后，屡次南向出兵，意图统一南北。太元八年（），苻坚以绝对优势的兵力威胁江南，谢玄率北府兵以寡敌众，肥水一战秦军大败。乘前秦衰弱，后秦姚氏占有关中，后燕慕容氏立国河北，东晋虽暂时解除了大军压境的威胁，并未能在北伐事业上有所进展。

义熙六年（）刘裕灭南燕，此后青、兖等州归属东晋、刘宋五十余年。十三年，灭后秦。由于关中悬远，东晋很难从江南遥控，刘裕又忙于南归夺取政权，无意进一步恢复中原，一度收复的长安与洛阳，随即为赫连夏与北魏所得，终东晋之世未能长期恢复西晋的两京。

江南政权稳固与否，和长江上游益州的归属很有关系。成汉李氏据蜀三十年，永和三年（）桓温西征灭之，有利于巩固东晋政权。二十六年以后，益州又被前秦占领，肥水战后才复归东晋。到义熙元年，谯纵据益州，又从东晋分裂出去。刘敬宣一度攻益州，距成都五百里而败还。及至九年，刘裕西征，灭谯氏，从此益州再归东晋统治。东晋百年间，益州不受其统治的期间达五十年。只是由于占有益州的势力既未与北方密切联合，不具备能顺流东下、吞并江南的实力，东晋政权才得免除来自益州上游的后顾之忧。